淨化海港計劃第一期工程包括建造總長23.6公里的一個深層隧道輸送系統，用以輸送九龍地區(由西面的荃灣至東面的將軍澳)和香港島東北部(包括柴灣及筲箕灣)的污水至昂船洲。位於昂船洲的污水處理廠是一座採用氯化鐵的化學方法處理污水的中央污水處理廠。這座名為「昂船洲污水處理廠」能應付平均每日170萬立方米的污水量。污水經處理後通過一條長1.7公里的海底排放管在維多利亞港西面排放。第一期工程亦包括全面更新7個附連的基本污水處理廠，提高其隔篩、隔濾砂礫的性能及操作穩定性，以應付整項計劃的要求。
在整個淨化海港計劃第一期全面啟用後，以往只經過隔篩及隔濾砂礫過程便流入維多利亞港的污水，將有75%得到化學處理。這個處理水平的提高能減少每日約 600噸的污泥進入海港，從而有效地改善海港的水質。
